Ci vuole il congiuntivo, perché parliamo di fatti ipotetici e non rievochiamo eventi avvenuti col futuro nel passato (condizionale composto):
Ma l’alternativa sarebbe stata che mia madre vendesse la collezione al Museo Städel.
Non mi pare accettabile il congiuntivo trapassato (avesse venduto), che implicherebbe appunto la compiutezza dell’azione.
Ho trovato quest’esempio:
Queste effusioni fecero credere a tutti i presenti che ella fosse sua moglie e che io ne fossi il padre; l’alternativa sarebbe stata che ella fosse una sgualdrina ed io non potessi essere che il suo ruff… (Giacomo Casanova, Storia della mia vita)
Ma quella lingua si chiama d’una patria, la quale convertisce i vocaboli ch’ella ha accattati da altri nell’uso suo, et è sí potente che i vocaboli accattati non la disordinano, ma ella disordina loro.