Cruscate

Premesso che la frase non suona bene, e che forse sarebbe preferibile scrivere "Ieri mi sei mancata/o", la frase è corretta?

"Ieri, mi sei mancato/a" è corretto.

La frase, comunque è diversa dalla frase in discussione.
"Ieri, pensavo che mi mancavi".
Non suona molto bene, però risalta che tu stai pensando a lui/lei.
La frase ha una reggente ("Pensavo") e una subordinata oggettiva ("che mi mancavi").
Dato che le due azioni avvengono nello stesso momento, userei la perifrasi stare coniugato all'indicativo imperfetto + gerundio presente nella reggente e l'indicativo imperfetto nella subordinata.
"Ieri stavo pensando che mi mancavi".

Mi scusi Malapartiano, ma perché la frase "Ieri pensavo che mi mancavi" non dovrebbe essere corretta"?

Morfologicamente, la frase è corretta ma non molto usata nello scritto. È usata perlopiù nella lingua parlata.
Ecco perché, forse, l'utente ha detto che non suona molto bene (anche io penso la stessa cosa, riferendomi alla lingua scritta).

Potremmo dire: "Quanto mi mancavi ieri" oppure "Ieri mi mancavi" oppure "Ieri mi sei mancato/a".

Comunque sia, "Ieri, pensavo che mi mancavi" e/o "Ieri, stavo pensando che mi mancavi" possono essere usati intercambiabilmente.