Azzardo l'ammissibilità della prima opzione, essendo il costrutto porre il caso che analogo ai verbi ammettere, ipotizzare, supporre, che di regola introducono una completiva al congiuntivo presente.
Sí, sono possibili entrambe le opzioni, ma vi percepisco una sfumatura: che sia uscito sottintende che si parla di un fatto avvenuto sul quale si emettono ipotesi (magari X è uscito dopo l’entrata di Y); che fosse uscito ci proietta nell’irrealtà, e non si sa se il fatto sia realmente avvenuto.
Ma quella lingua si chiama d’una patria, la quale convertisce i vocaboli ch’ella ha accattati da altri nell’uso suo, et è sí potente che i vocaboli accattati non la disordinano, ma ella disordina loro.
A mio parere, nel primo caso, contrariamente al secondo, la supposizione è ancorata a una dimensione temporale recente (o percepita come tale).
Esemplificando: Poniamo il caso che [un'ora fa] X sia uscito prima che Y entrasse in casa. Poniamo il caso che [un mese fa] X fosse uscito prima che Y entrasse in casa.